除了办军学外，郑克臧也进行了精兵改革，主要是针对陆师，水师比较关键郑克臧暂时没动。

除了在琼州前线作战的部队暂无变化外，其余各军纷纷进行职业士兵制的改革。

首先将屯垦的职能单独划分出来，各军镇分为正、辅兵制，正兵便是我们所说的职业军人，不事生产，专门进行军事训练。

每军镇择优选拔千名正兵，其余皆划到屯垦营中作为辅兵，便如之前一样农闲训练，农忙耕地，战时应召，平日屯垦。

辅兵立功可获得成为正兵的机会，将军队划分等级，差别待遇。

朝廷大幅度提高了正兵的待遇，并颁布了包括开办军学、减免赋税、赏赐田地等的一系列措施以提高军队的社会地位，使得成为正兵的吸引力大大提高。

借着这次改革的机会，郑克臧也将军队的编制进行了集中，在镇之上设立了军，五镇为一军。

最终陆师精简为五军二十六镇，东宁本土十六镇，从琼州又新募十镇，总计正兵近三万人，整体来说这次精军措施实施的比较平稳，没有因此生出太多乱子。

同时将后世的军衔制度与明朝的武散阶、武勋制度进行结合，创造了新一套军衔体制，依次为柱国、护军、龙虎将军、金吾将军、骠骑将军、昭信校尉、忠显校尉、忠武校尉、骁骑尉、飞骑尉、云骑尉。

对应后世从元帅到少尉的军衔，将武官的阶级划分更为明确。

军官的待遇和职官分配与军衔挂钩，例如一协主官起码得是校尉、一镇主官应当将官起步等。

郑克臧还听取了柯平的建议，单独在中央层面设立了军法司系统，垂直下派到各地军镇专司军法，事实上组建出一支宪兵部队，进一步压缩了驻外武将的权力，将军权集中至中央。

在郑克臧雷厉风行的改革下，郑经时代军队中留存的许多弊病被消除，整个明郑军队的面貌焕然一新。

同时经过南镇抚司近半年的努力，军队中的识字率稳步提高，士卒们士气高昂，军官们渴望立功。