清军在福建兵力窘破的现状很快被明军察觉，何祐亲自率领大军出福州一路向南，指挥精神饱满、士气旺盛的明军各部迅速渡过闽江，直扑福清县。

福州府城陷落后，辖境内各地县城纷纷投降，唯有不起眼的福清知县王其刚决定顽抗到底。

对这种冥顽不灵的伪清官员，何祐一向主张在肉体上消灭对方。

面对近近三万的明军主力，留守福清的清军决心在城中死守，做好了殉国的准备。

却未料明军仅以一部包围福清，主力继续南下不停，越过已在明军手中的兴化直达泉州。

明军来的太快，大出泉州守军的意料，泉州总兵官沈曲反应迟缓，等到明军兵临城下后，才堪堪完成了守城的准备。

泉州城内的守军不过三千余人，面对数万明军的围攻实在是抵御吃力，更不要说缴获了福州城内火炮和火药的明军火力再次上升了一个档次，在明军猛烈的炮火下，泉州城内守军士气低落。

自觉难以坚守的沈曲和泉州知府刘思朗趁夜带着亲信家眷逃出了城，在恐惧之下这二人做出了最坏的选择，未来等待他们的要不就是隐姓埋名隐居避世要不就是被清廷论罪处决。

第二日天明，当守城的清军将官们发现主事的人已经逃之夭夭后，他们迅速地达成一致大开城门投降了明军。

明军接管泉州城后，留下一镇兵马驻守，余部驱赶着投诚的泉州清军浩浩荡荡继续南下。

沿路县城无不望风而降，等明军到达原思明州（厦门）时，军队膨胀到了近四万人。

此时，福建东南部最后一座坚城漳州府已然在望，军势鼎盛的明军到达漳州当日立刻展开了攻城战。

漳州城内几千守军对战事根本不抱任何希望，可漳州知府并未弃城逃跑，他仍坚持着率领军队坚守漳州，希冀朝廷的援军能尽快到来。

但他注定要失望了，明军故技重施，用千斤的火药炸开了漳州城墙，然后突入城中。