当初杰书班师回京后曾大肆宣扬自己的这一罪责，还对手下亲近之人明言：“功劳太甚，此次故意未援，以作自诬。”

康熙听闻后笑了笑，最终也没追究杰书的罪责。

这次兵部的上书同样被很多人当作了一个笑话，但让众人大跌眼镜的是康熙皇帝同意了兵部的奏请，康亲王杰书军功被削，罚俸一年。

明珠和李光地心中一喜，这封上奏的主要目的是明珠借此来试探康熙的心意，若杰书仍安然无恙则说明皇上仍在姚与施中间徘徊不定。

若有所惩戒，则可推断康熙对姚启圣不满，连带着对推荐姚启圣任闽督的杰书也开始敲打起来。

惩罚下达几日后，李光地亲自拜访了康亲王，杰书刚受到康皇上的惩罚正有些不知所措，见李光地来访立马热情地接待了他，同时请教起了缘由。

李光地压低声音告诉他是圣上对姚启圣起了不满，王爷你只是被敲打牵连，不妨事的。

杰书闻言稍稍安心，同时心中有些埋怨姚启圣。

此时，施琅再次请求专征的奏折递进了北京。

十月初四，明珠、李光地为施琅奏请自行进剿台澎事面奏康熙请旨。

康熙这次终于没再直接拒绝，敕谕道：“进剿台湾事宜，关系甚重，如有机会，断不可失。当度势乘机，即图进剿。这施琅所奏，可交由议政王大臣会议具奏。”

专征一事被交到议政王大臣会议上，刚刚才被敲打的杰书在会议上没有为姚启圣说话，在明珠和李光地的提前串联下，最终议政王大臣会议奏陈：施琅所奏可行。

十月初六，明珠再次面圣奏说：“若以一人领兵进剿，可得行其志，两人同往，则未免彼此掣肘，不便于行事。照议政王所请，不必令姚启圣同往，着施琅一人进兵似乎可行。”

康熙帝沉思良久，点了点头认可了明珠的话，当日便发布敕谕：“进剿海寇，关系紧要，着福建督、抚同心协力，催趣粮晌，勿致迟误，前姚启圣具题功罪定例，交与施琅遵行，具体战事交由施琅相机自行进剿，极为合宜。”

自此，施琅正式谋得进剿东宁的战事指挥权，姚启圣则被严令全权负责后勤的筹措和补给，被剥夺了战事指挥权。