首先将陆师划分为两个不同的体系：征讨军镇与守土军镇

按明郑军队现在的编制，两个军镇共计两千正兵，三千辅兵，其中分派一千五百正兵配一千辅兵划为征讨军镇，剩余五百正兵与两千辅兵作为守土军镇。

顾名思义，征讨军镇负责随时听调出征，而守土军镇主要负责防守本土，在必要时听调出征。

而在军职方面，陆师分为东西南北中五军，东南西北各军设都督一名，都护两名分管征伐、守土军镇。

各军下辖军镇五至六个，其中守土军镇三至四个，征伐军镇固定两个。

中军不设都督，由郑克臧直领，中军五镇加上神机镇全部为征伐军镇，另外各军还设有神器营（炮营）、辎重营（保障后勤）、工程营、骑兵营（暂缺）等独立建制军营，与军镇同级。

各军镇设统制一名，副统制两名，协统制（参谋官）四名，统管五协，各协设参领一名，副参领两名，下辖五标，每标设管领一名，副管领一名，下设五队，每队队正一人，队副一人，编制为二十人。

同时各军镇还设有军法司佐官、南北镇抚司派遣官等由中央直接任命的辅助军官。

目前西军驻扎在琼州府，都督杨彦迪，防守区为琼州北部，南军驻扎在崖州，都督邱世宁，防守区为琼州南部。

中军驻扎在承天府，东军驻扎在天兴州，都督一职空缺，负责西海岸南侧屯垦点和澎湖的防御，北军驻扎在基隆港，权都督何祐，负责西海岸北侧屯垦点防御。

在郑克臧的命令下，陈绳武负责东军的军镇整编，而其余三军都督负责各自麾下军镇的整编。

在此基础上各军之间部队移防的制度也正式确立，按规定三年一换防。

这条命令随着参政司不断修改完善后最终正式成文下发至各军。

这次统一编制不像上次改革一般顺利，诸多统制们就分配统领征伐军镇还是守土军镇争论不休，但在郑克臧的严令下，仍是推动了下去。

而借助这次整编，怀威镇的伪清降卒也被打散了一部分，最后作为守土军镇调派至澎湖驻守。

被处罚降级为副统制的马震并没有灰心丧气，只要不是把他一撸到底，对他来说都还能补救，这次他攻略的对象从何祐变为了江胜。